L’éthimologie nous offre les racines de PUIUM NERONI (1008), « podium nigrum » (1020) et « castrum de Puei-nier » (XIIIe siècle), c’est à dire Puits Noir ou Montagne Noire à cause de ses pins ou plus exactement des couches de lignite affleurant sur les collines Sud-Ouest du village.
Ancienne seigneurie des vicomtes de Marseille et des abbés de Saint-Victor, qui y furent prospères jusqu’en 1357, Peynier fut successivement la propriété de plusieurs familles avant d’être érigé en marquisat pour les Thomassin en 1743.
Peynier au fil des années, subit le contrecoup des Guerres de Religion, c’est ainsi qu’en 1591 il fut saccagé. L’hiver de 1709 fut une nouvelle épreuve pour le village qui témoigna toujours beaucoup d’indépendance vis à vis de ses voisins : en cette année de frimas rigoureux, les pins périrent de froid et la vigne et les oliviers disparurent du paysage.
De nombreux vestiges gallo-romains témoignent de l’ancienneté de l’occupation humaine, le haut Moyen-Age en revanche ne nous fournit que quelques fragments de poteries.
