La chapelle Saint-Pierre, classée Monument Historique, est édifiée derrière l’actuel cimetière sur un tertre bien dégagé.
En 1098, elle est citée dans les biens de l’abbaye de Saint-Victor de Marseille ou elle était église paroissiale au centre de la première agglomération. Elle est reconstruite au XIIe siècle dans un style architectural de transition entre l’art roman et l’art gothique, comme en témoignent ses voûtes dites lombardes. Mais le plan respecte les canons de l’art roman provençal, avec une seule nef et une abside semi-circulaire à l’est. La structure des branches d’ogives est archaïque. L’abside est plus étroite et plus basse que la nef. Elle a conservé un ex-voto de 1721, un vieux bénitier, une peinture sur bois qui paraît représenter Jeanne d’Arc, et quatre dalles de tombeaux gravées d’épitaphes datées de 1851 à 1856.
Au XVIIe siècle, un ermite s’y installe. Entre 1734 et 1740, la chapelle est fermée car elle menace de s’effondrer. De puissants contreforts sont alors construits. Au XIXe siècle, elle est la propriété de la famille Maurin. Plusieurs membres de cette famille y sont enterrés, et quatre dalles funéraires sont conservées.
En 1720, lors de la grande peste de Marseille, les habitants de Peynier avaient fait vœu de venir en procession tous les ans à la chapelle si saint Pierre les protégeait de ce fléau. Il n’y a pas eu de victime de la peste à Peynier et depuis, une messe est dite chaque année à la chapelle, le dimanche qui suit la Saint-Pierre, le premier dimanche d’août. C’est à cette occasion qu’en 2003, une nouvelle cloche a été bénie et installée dans le petit clocher.
