Le village a conservé de nombreux vestiges du Moyen Âge. Outre le chevet roman au bas du clocher, il faut signaler la présence du donjon de la fin du XIIe siècle, intégré à une maison de la rue de Provence et de l’impasse des Remparts. L’ancien presbytère, grande demeure munie d’une terrasse sur la place de l’église, est en fait une partie de l’ancien château de Clastre, qui abritait le prieuré de Saint-Julien, dépendant de l’abbaye de Saint-Victor. Il possède encore des éléments d’architecture médiévale, notamment un fragment d’arc à côté de la porte d’entrée, des encadrements de fenêtres…
Les remparts sont en partie conservés. On en voit une partie dans la rue des Remparts et dans la rue de Provence. C’est le rempart des XIIe-XIIIe siècle, muni de tours au XIVe siècle. Les maisons de l’avenue Saint-Eloi forment comme une ceinture autour du village. Elles sont en fait le vestige du second rempart, construit au XIVe siècle, du temps des épidémies de peste et de la Guerre de Cent Ans. Le village possédait alors trois portes fortifiées, mais toutes ont disparu.
La rue Joffroy est l’une des plus anciennes de Peynier. De nombreuses maisons remontent au Moyen Âge. L’une d’entre elles, au n° 17, date du XIVe siècle. Certaines possèdent des arcs en pierres de taille dans leur cave.
De l’époque médiévale datent également plusieurs édifices hors du village. C’est le cas du puits de Cordeù sur les bords du ruisseau de la Badarusse, mentionné dès le XVe siècle. La bastide Saint-Jean, sur la route de Rousset, remonterait au XIIIe siècle. Il semble que ce soit une ferme fortifiée.
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